Ideje za nastanek slovenske malonogometne organizacije so začele nastajati decembra 2015, ko so se Peter Pust, Simon Detellbach, Matjaž Stopar, Zdenko Truden, Branko Kerčmar, Miloš Narobe, Goran Mohorko, Robert Slana in Simona Truden združili v Iniciativni odbor za ustanovitev Slovenske malonogometne zveze (SMZ). Vsi že akterji v malem nogometu so v Sloveniji pogrešali organizacijo, ki bi se trudila za povezovanje malega nogometa in združevala lige oz. zveze na državni ravni.
S povabilom malonogometnim akterjem po Sloveniji je bila 28. januarja 2016 s skupščino ustanovljena Slovenska malonogometna zveza, na kateri je bil za prvega predsednika zveze izvoljen Peter Pust. Predstavniki zvez oz. lig so izvolili tudi 7-članski Izvršni odbor, 3-članski Nadzorni odbor, 3-člansko Disciplinsko komisijo ter podpredsednika in blagajnika SMZ.
Prvi večji projekt Slovenske malonogometne zveze je bil turnir za naslov prvaka v malem nogometu, ki je potekal 2. julija 2016 na Vrhniki. V finalu sta se pomerili ekipi ŠD Asi Lok orodjarstvo Luzar in KMN Lomanoše, slednji pa so se veselili naslova prvaka.
V jeseni 2016 je zveza ustanovila dve pomembni malonogometni ligi: ljubljansko Ligo Kodeljevo in 1. državno malonogometno ligo na travi Ligo ENA, ki potekata še danes. Naslov prvaka Lige ENA so v naslednjih sezonah dosegli:
Novembra 2017 so se začeli prvi pogovori za ustanovitev mednarodne zveze malega nogometa, ki bi delovala v interes malemu nogometu. V začetku leta 2018 je Slovenija tako postala ustanovitvena članica International Socca Federation, ki prireja mednarodna tekmovanja po svetu. Slovenska malonogometna reprezentanca se je leta 2018 udeležila svetovnega prvenstva na Portugalskem, leta 2019 v Grčiji, leta 2020 pa bi moralo prvenstvo potekati v Mehiki, vendar je bilo zaradi koronavirusa odpovedano.
V letu 2018 se je pričela tudi Socca liga prvakov pod vodstvom International Socca Federation. Prvo leto je liga potekala na Hrvaškem, drugo leto pa v Mariboru, kjer je slovenska ekipa ŠD Ključarovci osvojila naslov prvaka.
Leta 2020 sta se podjetje Ekosen in Slovenska malonogometna zveza povezala in ustanovila mariborsko malonogometno ligo na umetni travi – Ligo Ekosen. Liga, ki jo vodi Viki Rep, se zaradi koronavirusa žal še ni pričela.
Slovenska malonogometna zveza združuje občinske, medobčinske zveze malega nogometa in lige po Sloveniji. Te se lahko včlanijo v zvezo in postanejo del širše malonogometne skupnosti.